Instytut Kolejnictwa współpracuje z wieloma jednostkami notyfikowanymi tworząc ogólnoeuropejską sieć jednostek notyfikowanych.

• NB Rail – forum jednostek notyfikowanych do Dyrektywy 2016/797 w sprawie interoperacyjności systemu kolei we Wspólnocie działające na podstawie art. 30 ust. 6 dyrektywy,

• Grupa ds. ERTMS przy ERA, o której mowa w art. 29 rozporządzenia (UE) 2016/796 działająca na podstawie art. 30 ust. 7 dyrektywy skupiająca jednostki notyfikowane w odniesieniu do podsystemów „sterowanie – urządzenia torowe” lub „sterowanie – urządzenia pokładowe”,
• STOWARZYSZENIE NB RAIL – europejska organizacja posiadająca status prawny skupiająca na zasadzie dobrowolności jednostki notyfikowane do Dyrektywy Parlamentu Europejskiego i Rady 2016/797 w sprawie interoperacyjności systemu kolei w Unii Europejskiej.

W ramach sieci współpracujemy współpracujemy m.in. z:

• Výzkumný Ústav Železniční, a.s. (VUZ) - Railway Research Institute, j.s.c.;
• Registro Italiano Navale S.p.A.  RINA SPA;
• SCIRO TÜV;
• TÜV NORD;
  
• TÜV SÜD

w zakresie procesów oceny zgodności i związanych z tym badań.

Instytut Kolejnictwa należy do szeregu międzynarodowych organizacji i stowarzyszeń. Do najznamienitszych należą:

• Międzynarodowy Związek Kolei UIC – od 22 listopada 2001 roku jesteśmy członkiem afiliowanym UIC. IK uczestniczy w europejskich projektach badawczych finansowanych przez UIC i Unię Europejską. Specjaliści IK biorą czynny udział w pracach komitetów i grup projektowych UIC.
• Europejskie Zrzeszenie Transportowych Instytutów Badawczych ECTRI - European Conference of Transport Research Institutes) - jesteśmy współczłonkiem wraz z ITS (Instytut Transportu Samochodowego). W kadencji 2009 - 2010 pracownik Instytutu Kolejnictwa pełnił funkcję wiceprzewodniczącego ECTRI.  W kadencji 2011 - 2012 jest członkiem zarządu.
• Stowarzyszenie Europejska Sieć Doskonałości EURNEX - European Network of Excellence - Pracownik Instytutu Kolejnictwa jest wiceliderem w tzw. 4 Biegunie - "Metody Oceny Wyrobów", dotyczącym aspektów prawnych w kolejnictwie, metod dowodzenia, procedur i stanowisk testowe, procesu dopuszczania wyrobów kolejowych (np. procedury wzajemnego uznawania).
• Europejskie Forum dotyczące Przejazdów Kolejowych ELCF - European Level Crossing Forum - organizacja skupiająca badaczy i praktyków związanych z problematyką zapewnienia bezpieczeństwa na skrzyżowaniach w poziomie tory czyli tzw. przejazdach kolejowych.

W ramach współpracy pomiędzy instytutami naukowymi, nawiązaliśmy ścisłą współpracę z następującymi jednostkami:

• Węgry:
  • MÁV Központi Felépítményvizsgáló Kft. MÁVKFV - Central Rail and Track Inspection Ltd.;
• Czechy:
  • Výzkumný Ústav Železniční, a.s. VUZ - Railway Research Institute, j.s.c.;
• Włochy:
  • Registro Italiano Navale S.p.A. RINA SPA;

• Niemcy:
  • DB Systemtechnik GmbH;
    

W ramach współpracy z uczelniami z zza granicy współpracujemy m.in. z :

• Słowacja:
  • Žilinská Univerzita ŽU - University of Žilina;

• Hiszpania:
  
  • Universitat Politècnica de Catalunya BarcelonaTech (Technical University of Catalonia - UPC - Politechnika w Barcelonie;

• Ukraina:
  • Український державний університет науки і технологій (Ukrainian State University of Science and Technologies) - dawniej Дніпропетровський Державний Технічний Університет Залізничного Транспорту ДІІТ (Dnepropetrovsk State Technical University of Railway Transport) - DIIT;
    
  • Державний економіко-технологічний університет транспорту (ДЕТУТ) - State Economy and Technology University of Transport  DETUT;